東鐵綫古洞站大型挖掘工程於2024年3月底展開，並於同年9月順利完成，重現出當年興建東鐵綫落馬洲支綫時經已建成的隧道結構。
上圖為2024年東鐵綫古洞站大型挖掘工程完成的情況；下圖為2003年於古洞興建東鐵綫落馬洲支綫的情況。
這次挖掘工程別具挑戰，因為挖掘範圍下方正正是東鐵綫的行車隧道，工程團隊必須謹慎規劃及進行施工。
完成第一層挖掘後，工程團隊開始架設金屬支架，以支撐兩側泥土的重量以固定地面，然後再進行餘下的挖掘工作。
在半年時間內，工程團隊分三層將泥土挖掘至約十米深，挖出的泥土體積約等於40個標準游泳池。為順利推展項目，工程團隊按計劃循序漸進地挖掘泥土、架設金屬支架，同時配合精密的地下水壓調控和監察，以確保隧道結構穩定及維持東鐵綫的日常運作。
大型挖掘工程順利完工，標誌著項目達到了一個里程碑。
完成大型挖掘工程後，工程團隊將全面展開車站主體建造工程，包括在日間陸續有序地建造車站大堂、地面出入口及其他鐵路附屬設施；同時爭取於晚間的非行車時間進行安裝月台幕門、改裝月台等工程。
工程團隊會繼續日以繼夜地工作，朝著2027年完成東鐵綫古洞站項目的目標進發。
大型挖掘工程的成功有賴各團隊的緊密合作。
